DBD: Transcription factor prediction database
Release 2.0
www.transcriptionfactor.org
Sequence ID search:
Home Browse Genomes Browse Families Search About Download Links
Genomes

By default, the genomes are sorted by descending number of PFAM predicted transcription factors.
The genome size is in number of protein sequences.
Clicking on one of the column arrows re-sorts on that column.

Common gene names are provided for the model organisms: Bacillus subtilis, Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster, Escherichia coli, Homo sapiens, Mus musculus and Saccharomyces cerevisiae.

Genome ↑ ↓ Kingdom ↑ ↓ Genome size ↑ ↓ Transcription Factors ↑ ↓ SUPERFAMILY predicted ↑ ↓ PFAM predicted ↑ ↓
Candidatus Sulcia muelleri GWSS Bacteria 227 0 0 0
Mycoplasma hyopneumoniae 7448 Bacteria 663 3 1 2
Mycoplasma hyopneumoniae J Bacteria 665 3 1 2
Mycoplasma hyopneumoniae 232 Bacteria 691 3 1 2
Candidatus Carsonella ruddii PV Bacteria 182 1 1 1
Buchnera aphidicola Bp Bacteria 504 2 2 1
Mycoplasma synoviae 53 Bacteria 672 3 2 2
Onion yellows phytoplasma OY-M Bacteria 754 2 2 1
Aster yellows witches-broom phytoplasma AYWB Bacteria 671 2 2 1
Buchnera aphidicola Cc Bacteria 357 2 2 2
Mycoplasma agalactiae PG2 Bacteria 742 3 2 2
Candidatus Phytoplasma mali Bacteria 479 3 2 2
Mycoplasma gallisepticum R Bacteria 726 3 3 1
Borrelia garinii PBi Bacteria 832 3 3 2
Mycoplasma pulmonis UAB CTIP Bacteria 782 3 3 1
Ureaplasma parvum ser. 3 ATCC 700970 Bacteria 614 4 3 2
Borrelia burgdorferi B31 Bacteria 851 4 3 3
Chlamydophila abortus S26/3 Bacteria 932 4 3 2
Chlamydia muridarum Nigg Bacteria 904 3 3 0
Mycoplasma genitalium G37 Bacteria 477 3 3 0
Wolbachia endosymbiont TRS of Brugia malayi Bacteria 805 4 3 3
Mycoplasma pneumoniae M129 Bacteria 689 3 3 1
Borrelia afzelii PKo Bacteria 855 4 3 3
Ureaplasma parvum ser. 3 ATCC 27815 Bacteria 609 4 3 2
Mycoplasma arthritidis 158L3-1 Bacteria 631 3 3 1
Theileria parva 1 Eukaryotes 4079 15 4 12
Chlamydia trachomatis D/UW-3/CX Bacteria 895 4 4 2
Nanoarchaeum equitans Kin4-M Archaea 536 6 4 4
Chlamydophila pneumoniae J138 Bacteria 1069 4 4 2
Chlamydophila pneumoniae CWL029 Bacteria 1052 4 4 2
Buchnera aphidicola Sg Bacteria 546 4 4 3
Buchnera aphidicola APS Bacteria 564 4 4 3
Chlamydia trachomatis A/HAR-13 Bacteria 911 4 4 2
Chlamydophila pneumoniae TW-183 Bacteria 1113 4 4 2
Chlamydophila pneumoniae AR39 Bacteria 1112 4 4 2
Chlamydia trachomatis 434/Bu Bacteria 874 4 4 2
Chlamydia trachomatis L2b/UCH-1/proctitis Bacteria 874 4 4 2
Borrelia turicatae 91E135 Bacteria 818 4 4 2
Chlamydophila caviae GPIC Bacteria 998 6 5 4
Helicobacter pylori J99 Bacteria 1489 8 5 6
Helicobacter pylori 26695 Bacteria 1576 8 5 6
Mycoplasma mobile 163K Bacteria 633 5 5 3
Treponema pallidum ssp. pallidum Nichols Bacteria 1036 6 5 4
Chlamydophila felis Fe/C-56 Bacteria 1005 6 5 4
Helicobacter pylori HPAG1 Bacteria 1536 9 5 7
Treponema pallidum ssp. pallidum SS14 Bacteria 1028 6 5 4
Helicobacter pylori Shi470 Bacteria 1567 8 5 6
Rickettsia typhi Wilmington Bacteria 838 8 6 6
Tropheryma whipplei TW08/27 Bacteria 783 9 6 8
Plasmodium yoelii ssp. yoelii 1 Eukaryotes 6539 15 6 12
Rickettsia prowazekii Madrid E Bacteria 835 9 6 7
Tropheryma whipplei Twist Bacteria 808 9 6 8
Neorickettsia sennetsu Miyayama Bacteria 932 7 6 5
Mycoplasma capricolum ssp. capricolum ATCC 27343 Bacteria 812 9 6 8
Rickettsia canadensis McKiel Bacteria 1093 8 6 7
Mycoplasma mycoides ssp. mycoides SC PG1 Bacteria 1016 10 7 7
Anaplasma marginale St. Maries Bacteria 949 8 7 6
Leishmania major 100505 Eukaryotes 8280 27 7 24
Wigglesworthia glossinidia Bacteria 611 9 7 8
Plasmodium falciparum 3D7 2.1 Eukaryotes 5405 18 7 15
Ehrlichia canis Jake Bacteria 925 8 7 7
Anaplasma phagocytophilum HZ Bacteria 1264 8 7 6
Candidatus Blochmannia floridanus Bacteria 583 7 7 6
Ehrlichia chaffeensis Arkansas Bacteria 1105 8 7 7
Helicobacter acinonychis Sheeba Bacteria 1612 9 7 5
Leishmania infantum JPCM5  Eukaryotes 8141 24 7 21
Plasmodium chabaudi  Eukaryotes 15007 19 7 16
Leishmania braziliensis MHOM/BR/75/M2904  Eukaryotes 8287 25 7 23
Plasmodium vivax SaI-1  Eukaryotes 5352 15 7 12
Ehrlichia ruminantium Welgevonden Bacteria 888 9 8 7
Ehrlichia ruminantium Gardel Bacteria 950 9 8 8
Candidatus Blochmannia pennsylvanicus BPEN Bacteria 610 8 8 6
Ehrlichia ruminantium Welgevonden Bacteria 958 9 8 8
Baumannia cicadellinicola Hc Bacteria 595 8 8 7
Plasmodium knowlesi  Eukaryotes 5106 14 8 11
Candidatus Vesicomyosocius okutanii HA Bacteria 937 8 8 7
Prochlorococcus marinus MIT 9215 Bacteria 1983 14 8 14
Rickettsia akari Hartford Bacteria 1259 10 8 8
Mycoplasma penetrans HF-2 Bacteria 1037 12 9 11
Theileria annulata Eukaryotes 3795 16 9 11
Mesoplasma florum L1 Bacteria 682 15 9 14
Prochlorococcus marinus AS9601 Bacteria 1921 15 9 14
Prochlorococcus marinus MIT 9211 Bacteria 1855 17 9 16
Trypanosoma brucei Eukaryotes 8758 30 10 26
Cryptosporidium hominis Eukaryotes 3934 18 10 15
Prochlorococcus marinus MIT 9312 Bacteria 1810 17 10 16
Candidatus Ruthia magnifica Cm Bacteria 976 11 10 10
Orientia tsutsugamushi Boryong Bacteria 1182 10 10 7
Prochlorococcus marinus MIT 9301 Bacteria 1907 17 10 16
Prochlorococcus marinus MIT 9515 Bacteria 1906 16 10 15
Prochlorococcus marinus NATL2A Bacteria 1892 18 11 17
Rickettsia conorii Malish 7 Bacteria 1374 13 11 12
Prochlorococcus marinus ssp. marinus CCMP1375 Bacteria 1883 18 11 17
Cryptosporidium parvum Iowa II Eukaryotes 3805 30 11 19
Plasmodium berghei ANKA  Eukaryotes 12235 19 12 12
Prochlorococcus marinus NATL1A Bacteria 2193 19 12 17
Prochlorococcus marinus ssp. pastoris CCMP1986 Bacteria 1717 19 13 17
Campylobacter jejuni ssp. doylei 269.97 Bacteria 1731 19 13 15
Toxoplasma gondii RH  Eukaryotes 7793 23 13 16
Rickettsia massiliae MTU5 Bacteria 968 15 13 11
Rickettsia rickettsii Sheila Smith Bacteria 1345 15 13 12
Rickettsia rickettsii Iowa Bacteria 1384 15 13 12
Rickettsia felis URRWXCal2 Bacteria 1400 18 14 15
Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster Bacteria 1195 15 14 10
Trypanosoma cruzi Eukaryotes 19626 43 14 41
Bartonella bacilliformis KC583 Bacteria 1283 23 14 20
Campylobacter jejuni ssp. jejuni 81116 Bacteria 1626 21 14 18
Bartonella quintana Toulouse Bacteria 1142 25 15 22
Campylobacter hominis ATCC BAA-381 Bacteria 1682 22 15 18
Campylobacter jejuni ssp. jejuni 81-176 Bacteria 1653 21 15 18
Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2 Bacteria 1283 17 15 11
Candidatus Pelagibacter ubique HTCC1062 Bacteria 1354 22 16 19
Campylobacter jejuni ssp. jejuni NCTC 11168 Bacteria 1634 23 16 19
Giardia lamblia  Eukaryotes 6487 24 16 10
Ignicoccus hospitalis KIN4/I Archaea 1434 22 16 15
Wolbachia pipientis Bacteria 1275 17 16 9
Campylobacter jejuni RM1221 Bacteria 1838 24 17 18
Chlorobium chlorochromatii CaD3 Bacteria 2002 36 17 35
Methanopyrus kandleri AV19 Archaea 1687 23 18 16
Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 Bacteria 1180 20 18 15
Dichelobacter nodosus VCS1703A Bacteria 1280 25 18 19
Francisella tularensis ssp. mediasiatica FSC147 Bacteria 1406 22 19 19
Prochlorococcus marinus MIT 9313 Bacteria 2269 29 20 26
Candidatus Protochlamydia amoebophila UWE25 Bacteria 2031 23 20 14
Synechococcus sp. CC9902 Bacteria 2307 29 20 26
Prochlorococcus marinus MIT 9303 Bacteria 2997 28 20 25
Campylobacter concisus 13826 Bacteria 1929 28 20 20
Synechococcus sp. WH 8102 Bacteria 2519 31 21 30
Helicobacter hepaticus ATCC 51449 Bacteria 1875 25 21 17
Methanosphaera stadtmanae DSM 3091 Archaea 1534 25 21 19
Synechococcus sp. CC9605 Bacteria 2645 29 21 25
Nitratiruptor sp. SB155-2 Bacteria 1843 36 21 26
Rickettsia bellii OSU 85-389 Bacteria 1476 23 21 22
Rickettsia bellii RML369-C Bacteria 1429 24 22 23
Synechococcus sp. WH 7803 Bacteria 2533 33 22 30
Chlorobium tepidum TLS Bacteria 2252 26 23 21
Methanococcus aeolicus Nankai-3 Archaea 1490 32 23 23
Synechococcus sp. RCC307 Bacteria 2535 31 23 30
Coxiella burnetii RSA 331 Bacteria 1930 28 23 24
Polynucleobacter necessarius STIR1 Bacteria 1508 25 23 20
Coxiella burnetii RSA 493 Bacteria 2016 29 24 25
Thermosynechococcus elongatus BP-1 Bacteria 2476 34 24 32
Campylobacter fetus ssp. fetus 82-40 Bacteria 1719 32 24 25
Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1 Bacteria 1629 31 24 24
Aquifex aeolicus VF5 Bacteria 1529 29 25 19
Methanosaeta thermophila PT Archaea 1696 31 25 19
Synechococcus sp. CC9311 Bacteria 2892 36 25 33
Elusimicrobium minutum Pei191 Bacteria 1529 26 25 21
Aeropyrum pernix K1 Archaea 1700 39 26 28
Chlorobaculum parvum NCIB 8327 Bacteria 2043 31 26 24
Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835 Bacteria 2138 32 27 28
Francisella tularensis ssp. novicida U112 Bacteria 1719 32 28 26
Sulfurimonas denitrificans DSM 1251 Bacteria 2096 48 29 37
Thermoplasma volcanium GSS1 Archaea 1499 44 30 36
Candidatus Korarchaeum cryptofilum OPF8 Archaea 1602 44 30 35
Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 Bacteria 2090 35 30 27
Bartonella henselae Houston-1 Bacteria 1488 45 31 39
Encephalitozoon cuniculi Eukaryotes 1996 35 31 29
Staphylothermus marinus F1 Archaea 1570 42 31 28
Francisella philomiragia ssp. philomiragia ATCC 25017 Bacteria 1911 34 31 27
Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 Archaea 1786 44 32 34
Synechococcus sp. JA-2-3Ba(2-13) Bacteria 2862 47 32 40
Campylobacter curvus 525.92 Bacteria 1931 42 32 34
Coxiella burnetii Dugway 7E9-12 Bacteria 2058 38 32 33
Methanobrevibacter smithii ATCC 35061 Archaea 1793 36 32 23
Methylacidiphilum infernorum V4 Bacteria 2472 43 32 39
Porphyromonas gingivalis W83 Bacteria 1909 40 33 32
Methanothermobacter thermautotrophicus Delta H Archaea 1873 42 33 30
Mycobacterium leprae TN Bacteria 1605 41 33 29
Methanococcus maripaludis C7 Archaea 1788 40 33 29
Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 Archaea 2149 47 33 34
Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1 Bacteria 1721 41 33 29
Methanococcus maripaludis S2 Archaea 1722 45 34 32
Thermoplasma acidophilum DSM 1728 Archaea 1482 51 34 41
Fervidobacterium nodosum Rt17-B1 Bacteria 1750 39 35 30
Neisseria meningitidis 053442 Bacteria 2020 41 35 30
Hyperthermus butylicus DSM 5456 Archaea 1602 51 36 31
Prosthecochloris vibrioformis DSM 265 Bacteria 1753 44 36 34
Synechococcus sp. PCC 7002 Bacteria 2823 48 36 40
Haemophilus ducreyi 35000HP Bacteria 1717 42 37 28
Picrophilus torridus DSM 9790 Archaea 1535 48 37 32
Synechococcus elongatus PCC 6301 Bacteria 2527 49 37 40
Synechococcus elongatus PCC 7942 Bacteria 2612 49 37 41
Nitrosopumilus maritimus SCM1 Archaea 1795 45 37 32
Acholeplasma laidlawii PG-8A Bacteria 1380 45 37 40
Methanococcus vannielii SB Archaea 1678 48 38 32
Thermosipho melanesiensis BI429 Bacteria 1879 44 38 35
Methanococcus maripaludis C6 Archaea 1826 45 38 30
Thermus thermophilus HB8 Bacteria 1973 49 39 39
Xylella fastidiosa Temecula1 Bacteria 2034 47 39 43
Methanococcus maripaludis C5 Archaea 1813 49 39 36
Pyrobaculum islandicum DSM 4184 Archaea 1978 48 39 28
Caldivirga maquilingensis IC-167 Archaea 1963 60 39 47
Thermofilum pendens Hrk 5 Archaea 1824 59 40 42
Wolinella succinogenes DSM 1740 Bacteria 2042 63 41 54
Thermotoga petrophila RKU-1 Bacteria 1785 51 41 46
Xylella fastidiosa M23 Bacteria 2161 49 41 45
Xylella fastidiosa M12 Bacteria 2104 50 41 44
Orientia tsutsugamushi Ikeda Bacteria 1967 41 41 8
Thermus thermophilus HB27 Bacteria 1982 53 42 41
Neisseria gonorrhoeae FA 1090 Bacteria 2002 49 42 39
Neisseria meningitidis FAM18 Bacteria 1917 49 42 38
Thermoproteus neutrophilus V24Sta Archaea 1966 51 42 33
Thermotoga sp. RQ2 Bacteria 1819 51 42 42
Chloroherpeton thalassium ATCC 35110 Bacteria 2710 52 42 44
Neisseria meningitidis MC58 Bacteria 2063 49 43 37
Thiomicrospira crunogena XCL-2 Bacteria 2196 48 43 41
Dehalococcoides sp. BAV1 Bacteria 1371 54 43 48
Flavobacterium psychrophilum JIP02/86 Bacteria 2412 54 43 44
Chlorobium phaeobacteroides BS1 Bacteria 2469 53 43 43
Neisseria gonorrhoeae NCCP11945 Bacteria 2662 53 43 43
Zymomonas mobilis ssp. mobilis ZM4 Bacteria 1998 56 44 46
Lactobacillus delbrueckii ssp. bulgaricus ATCC 11842 Bacteria 1562 56 44 45
Methanocorpusculum labreanum Z Archaea 1739 52 44 34
Prosthecochloris aestuarii DSM 271 Bacteria 2263 47 44 29
Thermotoga maritima MSB8 Bacteria 1858 53 45 46
Neisseria meningitidis Z2491 Bacteria 2049 52 45 36
Haemophilus influenzae Rd KW20 Bacteria 1657 57 45 47
Polynucleobacter sp. QLW-P1DMWA-1 Bacteria 2077 50 45 37
Haemophilus influenzae PittEE Bacteria 1623 57 46 46
Haemophilus influenzae PittGG Bacteria 1670 57 46 44
Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C Bacteria 2157 55 46 43
Fusobacterium nucleatum ssp. nucleatum ATCC 25586 Bacteria 2067 55 47 44
Petrotoga mobilis SJ95 Bacteria 1898 55 47 43
Pyrobaculum aerophilum IM2 Archaea 2605 61 48 40
Synechococcus sp. JA-3-3Ab Bacteria 2760 80 48 58
Haemophilus influenzae 86-028NP Bacteria 1791 63 49 51
Lactobacillus delbrueckii ssp. bulgaricus ATCC BAA-365 Bacteria 1721 63 49 52
Leptospira borgpetersenii ser. Hardjo-bovis JB197 Bacteria 2880 61 49 43
Streptococcus thermophilus LMD-9 Bacteria 1710 77 49 65
Sulfurovum sp. NBC37-1 Bacteria 2438 68 49 50
Lactobacillus helveticus DPC 4571 Bacteria 1610 66 49 57
Finegoldia magna ATCC 29328 Bacteria 1631 62 49 50
Ostreococcus sp. RCC809  Eukaryotes 7773 77 49 56
Halobacterium sp. NRC-1 Archaea 2075 68 50 44
Pasteurella multocida ssp. multocida Pm70 Bacteria 2015 60 50 52
Chlorobium phaeobacteroides DSM 266 Bacteria 2650 59 50 40
Pyrococcus horikoshii OT3 Archaea 1955 70 51 49
Haemophilus somnus 129PT Bacteria 1792 57 51 48
Halobacterium salinarum R1 Archaea 2110 67 51 42
Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514 Archaea 2299 65 52 41
Psychrobacter arcticus 273-4 Bacteria 2120 63 53 44
Streptococcus thermophilus CNRZ1066 Bacteria 1915 69 53 59
Leptospira interrogans ser. Copenhageni Fiocruz L1-130 Bacteria 3658 65 53 48
Entamoeba histolytica 1 Eukaryotes 9772 69 53 39
Cyanidioschyzon merolae Eukaryotes 5013 66 53 42
Xylella fastidiosa 9a5c Bacteria 2766 66 53 55
Dehalococcoides ethenogenes 195 Bacteria 1580 70 54 59
Streptococcus thermophilus LMG 18311 Bacteria 1889 71 54 59
Leptospira interrogans ser. Lai 56601 Bacteria 4727 65 54 49
Malassezia globosa CBS 7966  Eukaryotes 4286 70 54 54
Bartonella tribocorum CIP 105476 Bacteria 2074 72 54 55
Corynebacterium urealyticum DSM 7109 Bacteria 2024 65 54 46
Deinococcus geothermalis DSM 11300 Bacteria 2335 71 55 59
Ostreococcus tauri  Eukaryotes 7725 78 55 52
Halorhodospira halophila SL1 Bacteria 2407 61 55 51
Leptospira borgpetersenii ser. Hardjo-bovis L550 Bacteria 2945 67 55 47
Arcobacter butzleri RM4018 Bacteria 2259 85 55 72
Dehalococcoides sp. CBDB1 Bacteria 1458 76 56 68
Pyrococcus abyssi GE5 Archaea 1896 72 56 51
Methanococcoides burtonii DSM 6242 Archaea 2273 66 56 42
Candidatus Methanoregula boonei 6A8 Archaea 2450 71 56 48
Methanospirillum hungatei JF-1 Archaea 3139 65 57 44
Pelodictyon luteolum DSM 273 Bacteria 2083 65 57 55
Metallosphaera sedula DSM 5348 Archaea 2256 76 57 57
Methanoculleus marisnigri JR1 Archaea 2489 65 57 42
Haemophilus somnus 2336 Bacteria 1980 66 57 54
Haloquadratum walsbyi DSM 16790 Archaea 2610 83 58 55
Pyrococcus furiosus DSM 3638 Archaea 2125 80 59 49
Natronomonas pharaonis DSM 2160 Archaea 2661 86 59 58
Francisella tularensis ssp. holarctica OSU18 Bacteria 1555 61 59 18
Methylococcus capsulatus Bath Bacteria 2956 72 60 56
Actinobacillus pleuropneumoniae ser. 3 JL03 Bacteria 2036 69 60 55
Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 Archaea 2420 88 61 64
Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 Archaea 2223 83 61 53
Thermococcus kodakarensis KOD1 Archaea 2306 83 61 68
Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryotes 7651 89 61 62
Nitrosomonas eutropha C91 Bacteria 2444 71 61 46
Psychrobacter sp. PRwf-1 Bacteria 2370 70 61 47
Actinobacillus pleuropneumoniae L20 Bacteria 2012 73 64 56
Legionella pneumophila Corby Bacteria 3206 73 64 62
Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1 Bacteria 2707 81 64 66
Legionella pneumophila ssp. pneumophila Philadelphia 1 Bacteria 2942 72 65 61
Legionella pneumophila Paris Bacteria 3027 74 65 64
Tetrahymena thermophila 1 Eukaryotes 27424 119 65 79
Streptococcus pneumoniae D39 Bacteria 1914 91 65 82
Thermotoga lettingae TMO Bacteria 2040 78 65 67
Treponema denticola ATCC 35405 Bacteria 2767 75 66 46
Schizosaccharomyces japonicus yFS275  Eukaryotes 5167 92 67 65
Schizosaccharomyces octosporus yFS286  Eukaryotes 4925 88 67 56
Syntrophomonas wolfei ssp. wolfei Goettingen Bacteria 2504 78 68 59
Actinobacillus pleuropneumoniae ser. 7 AP76 Bacteria 2131 78 68 61
Lactobacillus acidophilus NCFM Bacteria 1862 93 69 77
Streptococcus pneumoniae G54 Bacteria 2115 94 69 83
Synechocystis sp. PCC 6803 Bacteria 3172 84 70 49
Francisella tularensis ssp. tularensis SCHU S4 Bacteria 1603 73 70 24
Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 Bacteria 2272 85 70 59
Legionella pneumophila Lens Bacteria 2878 77 70 63
Corynebacterium jeikeium K411 Bacteria 2104 80 70 50
Desulfotalea psychrophila LSv54 Bacteria 3116 75 70 64
Salinibacter ruber DSM 13855 Bacteria 2801 89 70 61
Acidothermus cellulolyticus 11B Bacteria 2157 87 70 66
Francisella tularensis ssp. tularensis FSC198 Bacteria 1605 73 70 24
Heliobacterium modesticaldum Ice1 Bacteria 3000 83 70 61
Nitrosospira multiformis ATCC 25196 Bacteria 2757 77 71 50
Streptococcus pneumoniae Hungary19A-6 Bacteria 2155 97 71 85
Bifidobacterium adolescentis ATCC 15703 Bacteria 1631 83 72 67
Lactobacillus gasseri ATCC 33323 Bacteria 1755 90 72 76
Aureococcus anophagefferens  Eukaryotes 11501 93 72 60
Sulfolobus tokodaii 7 Archaea 2825 111 73 81
Streptococcus pneumoniae R6 Bacteria 2043 99 73 84
Streptococcus pyogenes M1 GAS Bacteria 1697 89 73 79
Erythrobacter litoralis HTCC2594 Bacteria 3011 89 73 73
Granulibacter bethesdensis CGDNIH1 Bacteria 2437 92 73 79
Lactobacillus johnsonii NCC 533 Bacteria 1821 95 74 84
Gluconobacter oxydans 621H Bacteria 2432 85 74 70
Thiobacillus denitrificans ATCC 25259 Bacteria 2827 86 74 65
Propionibacterium acnes KPA171202 Bacteria 2297 89 74 71
Psychrobacter cryohalolentis K5 Bacteria 2467 86 74 59
Bifidobacterium longum NCC2705 Bacteria 1727 90 75 71
Streptococcus pneumoniae TIGR4 Bacteria 2105 101 75 86
Sulfolobus solfataricus P2 Archaea 2977 115 75 85
Dictyostelium discoideum Eukaryotes 13681 116 75 77
Lactobacillus salivarius ssp. salivarius UCC118 Bacteria 1717 89 75 71
Streptococcus pyogenes MGAS9429 Bacteria 1877 92 75 81
Sporobolomyces roseus  Eukaryotes 5536 99 75 59
Streptococcus pneumoniae CGSP14 Bacteria 2206 98 75 86
Streptococcus pyogenes MGAS10394 Bacteria 1886 92 76 80
Streptococcus pyogenes MGAS5005 Bacteria 1865 96 76 85
Clostridium novyi NT Bacteria 2315 95 76 84
Oenococcus oeni PSU-1 Bacteria 1691 89 76 70
uncultured methanogenic archaeon RC-I Archaea 3085 94 76 56
Micromonas sp. CCMP490  Eukaryotes 10475 107 76 76
Nitrosococcus oceani ATCC 19707 Bacteria 2974 90 77 63
Cyanothece sp. ATCC 51142 Bacteria 5211 97 77 67
Streptococcus pyogenes MGAS8232 Bacteria 1839 97 78 86
Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 Bacteria 2620 96 78 77
Syntrophus aciditrophicus SB Bacteria 3168 86 78 70
Lactobacillus reuteri F275 Bacteria 1900 91 78 75
Streptococcus pyogenes Manfredo Bacteria 1745 93 78 82
Schizosaccharomyces pombe 972h-  Eukaryotes 5025 100 78 62
Staphylococcus epidermidis ATCC 12228 Bacteria 2419 95 79 73
Bdellovibrio bacteriovorus HD100 Bacteria 3587 95 79 78
Haloarcula marismortui ATCC 43049 Archaea 3412 137 79 102
Schizosaccharomyces pombe Eukaryotes 5001 100 79 62
Streptococcus suis 05ZYH33 Bacteria 2186 95 79 86
Francisella tularensis ssp. holarctica FTNF002-00 Bacteria 1580 81 79 20
Nitrosomonas europaea ATCC 19718 Bacteria 2461 97 80 59
Batrachochytrium dendrobatidis JEL423  Eukaryotes 8793 115 80 93
Alkalilimnicola ehrlichei MLHE-1 Bacteria 2865 92 80 73
Francisella tularensis ssp. tularensis WY96-3418 Bacteria 1634 83 80 27
Deinococcus radiodurans R1 Bacteria 2997 95 81 69
Francisella tularensis ssp. holarctica Bacteria 1754 83 81 21
Streptococcus pyogenes MGAS2096 Bacteria 1898 98 81 82
Leuconostoc citreum KM20 Bacteria 1702 92 81 76
Streptococcus agalactiae A909 Bacteria 1996 105 82 92
Micromonas sp. RCC299  Eukaryotes 9815 116 82 81
Streptococcus pyogenes SSI-1 Bacteria 1861 99 84 87
Streptococcus pyogenes MGAS315 Bacteria 1865 100 84 88
Thermoanaerobacter tengcongensis MB4 Bacteria 2588 111 84 93
Clostridium tetani E88 Bacteria 2373 111 84 101
Streptococcus pyogenes MGAS10750 Bacteria 1979 104 84 93
Staphylococcus epidermidis RP62A Bacteria 2494 100 85 79
Streptococcus pyogenes MGAS6180 Bacteria 1894 103 85 92
Streptococcus agalactiae NEM316 Bacteria 2094 110 85 96
Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406 Bacteria 3785 93 85 84
Monosiga brevicollis  Eukaryotes 9196 151 86 130
Pelotomaculum thermopropionicum SI Bacteria 2920 108 86 83
Clostridium thermocellum ATCC 27405 Bacteria 3189 124 87 105
Pelobacter carbinolicus DSM 2380 Bacteria 3352 104 88 88
Streptococcus pyogenes MGAS10270 Bacteria 1986 104 88 93
Actinobacillus succinogenes 130Z Bacteria 2079 96 88 81
Gramella forsetii KT0803 Bacteria 3584 107 88 88
Streptococcus suis 98HAH33 Bacteria 2185 103 88 90
Thermoanaerobacter sp. X514 Bacteria 2349 104 88 82
Streptococcus agalactiae 2603V/R Bacteria 2124 111 89 99
Mannheimia succiniciproducens MBEL55E Bacteria 2380 97 90 82
Roseiflexus sp. RS-1 Bacteria 4517 118 90 96
Lactobacillus fermentum IFO 3956 Bacteria 1843 95 90 66
Methylobacillus flagellatus KT Bacteria 2753 102 91 80
Pediococcus pentosaceus ATCC 25745 Bacteria 1755 111 91 100
Leptospira biflexa ser. Patoc Patoc 1 (Paris) Bacteria 3391 105 91 76
Clostridium perfringens 13 Bacteria 2660 116 92 100
Staphylococcus aureus ssp. aureus USA300_TCH1516 Bacteria 2657 116 92 93
Thermoanaerobacter pseudethanolicus ATCC 33223 Bacteria 2243 107 92 77
Bifidobacterium longum Bacteria 1990 109 92 83
Methanosarcina mazei Go1 Archaea 3370 115 93 68
Dictyostelium purpureum  Eukaryotes 12410 123 93 88
Idiomarina loihiensis L2TR Bacteria 2628 112 94 93
Staphylococcus aureus RF122 Bacteria 2515 118 94 95
Clostridium perfringens SM101 Bacteria 2558 117 94 101
Leuconostoc mesenteroides ssp. mesenteroides ATCC 8293 Bacteria 1970 107 95 94
Staphylococcus aureus ssp. aureus N315 Bacteria 2588 121 96 98
Methanosarcina barkeri fusaro Archaea 3606 112 96 67
Staphylococcus aureus ssp. aureus MSSA476 Bacteria 2579 120 96 97
Staphylococcus aureus ssp. aureus MW2 Bacteria 2632 122 96 99
Desulfovibrio vulgaris ssp. vulgaris DP4 Bacteria 2941 112 96 83
Streptococcus gordonii Challis subCH1 Bacteria 2051 121 96 104
Chloroflexus aurantiacus J-10-fl Bacteria 3853 126 96 106
Leptospira biflexa ser. Patoc Patoc 1 (Ames) Bacteria 3543 111 96 80
Desulfovibrio vulgaris ssp. vulgaris Hildenborough Bacteria 3379 113 97 83
Pelobacter propionicus DSM 2379 Bacteria 3576 109 97 88
Staphylococcus aureus ssp. aureus Newman Bacteria 2614 121 97 99
Roseiflexus castenholzii DSM 13941 Bacteria 4330 125 97 106
Staphylococcus aureus ssp. aureus COL Bacteria 2615 123 98 101
Rhodopirellula baltica SH 1 Bacteria 7325 108 98 91
Desulfococcus oleovorans Hxd3 Bacteria 3265 106 98 64
Staphylococcus aureus ssp. aureus NCTC 8325 Bacteria 2892 127 100 103
Moorella thermoacetica ATCC 39073 Bacteria 2465 119 100 97
Clostridium perfringens ATCC 13124 Bacteria 2876 129 100 112
Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025 Bacteria 3111 114 100 93
Staphylococcus aureus ssp. aureus Mu50 Bacteria 2697 128 101 103
Staphylococcus aureus ssp. aureus USA300 Bacteria 2560 128 101 104
Phaeodactylum tricornutum  Eukaryotes 10025 131 101 91
Parabacteroides distasonis ATCC 8503 Bacteria 3850 123 101 103
Staphylococcus aureus ssp. aureus JH9 Bacteria 2697 129 101 106
Staphylococcus aureus ssp. aureus Mu3 Bacteria 2698 128 101 103
Kocuria rhizophila DC2201 Bacteria 2357 113 101 75
Streptococcus mutans UA159 Bacteria 1960 131 102 109
Staphylococcus aureus ssp. aureus JH1 Bacteria 2747 130 102 107
Streptococcus sanguinis SK36 Bacteria 2270 124 102 104
Chlorella sp. NC64A  Eukaryotes 9791 133 103 95
Trichodesmium erythraeum IMS101 Bacteria 4451 113 103 35
Geobacter sulfurreducens PCA Bacteria 3446 122 104 99
Anabaena variabilis ATCC 29413 Bacteria 5043 130 105 98
Staphylococcus aureus ssp. aureus MRSA252 Bacteria 2656 128 105 100
Geobacter metallireducens GS-15 Bacteria 3519 122 105 86
Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903 Bacteria 2679 122 105 98
Alcanivorax borkumensis SK2 Bacteria 2755 122 106 94
Syntrophobacter fumaroxidans MPOB Bacteria 4064 122 106 95
Kluyveromyces waltii Eukaryotes 5214 136 109 81
Symbiobacterium thermophilum IAM 14863 Bacteria 3338 130 109 97
Batrachochytrium dendrobatidis JAM81  Eukaryotes 8732 145 109 109
Lactobacillus sakei ssp. sakei 23K Bacteria 1879 128 110 107
Ashbya gossypii 1.0 Eukaryotes 4726 135 111 84
Phytophthora ramorum 1.0 Eukaryotes 16066 160 111 109
Leifsonia xyli ssp. xyli CTCB07 Bacteria 2030 125 112 86
Volvox carteri f. nagariensis  Eukaryotes 15544 148 112 99
Lactococcus lactis ssp. lactis Il1403 Bacteria 2321 145 114 106
Lotus japonicus  Early Assembly Eukaryotes 10198 208 114 189
Geobacter lovleyi SZ Bacteria 3606 137 114 108
Herminiimonas arsenicoxydans Bacteria 3325 137 115 114
Acinetobacter baumannii SDF Bacteria 2913 128 116 91
Corynebacterium efficiens YS-314 Bacteria 2950 133 117 103
Staphylococcus haemolyticus JCSC1435 Bacteria 2676 138 117 108
Nitrobacter hamburgensis X14 Bacteria 3804 146 117 97
Naegleria gruberi  Eukaryotes 15753 142 117 48
Lactobacillus casei ATCC 334 Bacteria 2751 158 117 134
Coccidioides immitis RMSCC 3703  Eukaryotes 10421 155 117 87
Chlamydomonas reinhardtii 3.0 Eukaryotes 15256 213 118 95
Nostoc sp. PCC 7120 Bacteria 5366 140 118 110
Bacteroides vulgatus ATCC 8482 Bacteria 4065 133 118 118
Sodalis glossinidius morsitans Bacteria 2432 138 119 114
Phanerochaete chrysosporium 2.1 Eukaryotes 10048 146 120 94
Staphylococcus saprophyticus ssp. saprophyticus ATCC 15305 Bacteria 2446 142 120 113
Phytophthora infestans T30-4  Eukaryotes 22658 185 120 124
Vanderwaltozyma polyspora  Eukaryotes 5345 151 120 108
Cellvibrio japonicus Ueda107 Bacteria 3754 135 120 122
Bacteroides fragilis YCH46 Bacteria 4578 143 122 117
Coprinopsis cinerea okayama7 130  Eukaryotes 13544 168 122 111
Coccidioides immitis H538.4  Eukaryotes 10538 154 122 85
Desulfotomaculum reducens MI-1 Bacteria 3276 141 123 105
Bacteroides fragilis NCTC 9343 Bacteria 4184 143 124 117
Cryptococcus neoformans JEC21  Eukaryotes 5882 155 124 74
Desulfovibrio desulfuricans ssp. desulfuricans G20 Bacteria 3775 133 124 85
Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 Kitasato Bacteria 2993 145 125 110
Yarrowia lipolytica Eukaryotes 6659 156 125 95
Uncinocarpus reesii 1704  Eukaryotes 7798 165 125 97
Exiguobacterium sibiricum 255-15 Bacteria 3007 149 125 129
Nitrobacter winogradskyi Nb-255 Bacteria 3122 142 126 72
Aromatoleum aromaticum EbN1 Bacteria 4133 146 126 115
Saccharomyces bayanus MIT Eukaryotes 11996 168 127 109
Puccinia graminis f. sp. tritici CRL 75-36-700-3  Eukaryotes 20567 205 127 138
Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 Bielefeld Bacteria 3057 149 128 112
Lodderomyces elongisporus NRRL YB-4239  Eukaryotes 5796 157 128 90
Histoplasma capsulatum class NAmI strain WU24  Eukaryotes 9349 191 129 117
Psychromonas ingrahamii 37 Bacteria 3545 137 129 115
Candida glabrata Eukaryotes 5271 163 130 115
Gloeobacter violaceus PCC 7421 Bacteria 4430 149 130 110
Lactococcus lactis ssp. cremoris SK11 Bacteria 2384 155 130 106
Kluyveromyces lactis Eukaryotes 5331 155 131 85
Brucella ovis ATCC 25840 Bacteria 2890 152 132 125
Xanthomonas oryzae pv. oryzae KACC10331 Bacteria 4144 151 133 104
Alkaliphilus oremlandii OhILAs Bacteria 2836 165 133 141
Phytophthora sojae 1.0 Eukaryotes 19276 197 134 125
Pseudoalteromonas haloplanktis TAC125 Bacteria 3486 156 134 130
Anaeromyxobacter sp. Fw109-5 Bacteria 4466 154 134 128
Candida lusitaniae ATCC 42720  Eukaryotes 5936 165 135 91
Lactococcus lactis ssp. cremoris MG1363 Bacteria 2434 162 135 118
Maricaulis maris MCS10 Bacteria 3063 156 135 131
Saccharomyces cerevisiae RM11-1a  Eukaryotes 5383 165 135 105
Clostridium botulinum B Eklund 17B Bacteria 3473 174 135 155
Thermobifida fusca YX Bacteria 3110 167 136 136
Lactobacillus brevis ATCC 367 Bacteria 2185 153 136 125
Geobacillus kaustophilus HTA426 Bacteria 3498 161 137 123
Rubrobacter xylanophilus DSM 9941 Bacteria 3140 150 137 117
Xanthomonas oryzae pv. oryzae MAFF 311018 Bacteria 4372 159 137 111
Geobacillus thermodenitrificans NG80-2 Bacteria 3392 165 137 133
Nostoc punctiforme PCC 73102 Bacteria 6087 159 137 111
Brucella suis 1330 Bacteria 3271 159 138 132
Magnetospirillum magneticum AMB-1 Bacteria 4559 165 138 132
Listeria welshimeri ser. 6b SLCC5334 Bacteria 2774 170 138 152
Candida albicans WO-1  Eukaryotes 5931 170 138 91
Sphingopyxis alaskensis RB2256 Bacteria 3165 155 139 121
Saccharophagus degradans 2-40 Bacteria 4008 167 140 147
Candida parapsilosis  Eukaryotes 5733 169 140 92
Lactobacillus casei BL23 Bacteria 3044 183 140 158
Corynebacterium glutamicum R Bacteria 3052 161 141 121
Brucella canis ATCC 23365 Bacteria 3251 162 141 135
Brucella suis ATCC 23445 Bacteria 3241 161 142 132
Thalassiosira pseudonana Eukaryotes 11397 169 143 103
Mycobacterium tuberculosis CDC1551 Bacteria 4189 168 143 99
Shewanella denitrificans OS217 Bacteria 3754 165 143 136
Yersinia pestis Angola Bacteria 3837 174 143 157
Saccharomyces cerevisiae Ensembl 49_1h (all transcripts) Eukaryotes 6698 177 144 114
Saccharomyces cerevisiae SGD Eukaryotes 6702 177 144 114
Brucella melitensis biov. Abortus 2308 Bacteria 3034 164 144 137
Saccharomyces cerevisiae YJM789  Eukaryotes 5862 175 144 110
Saccharomyces paradoxus MIT Eukaryotes 10559 178 145 112
Brucella abortus bv. 1 9-941 Bacteria 3085 165 145 138
Acinetobacter baumannii ATCC 17978 Bacteria 3352 163 145 124
Mycobacterium tuberculosis H37Ra Bacteria 4034 172 145 104
Mycobacterium tuberculosis H37Rv Bacteria 3989 172 146 103
Dechloromonas aromatica RCB Bacteria 4171 172 146 133
Mycobacterium tuberculosis F11 Bacteria 3941 171 146 102
Brucella melitensis 16M Bacteria 3198 167 147 137
Mycobacterium bovis AF2122/97 Bacteria 3920 172 147 103
Mycobacterium bovis BCG Pasteur 1173P2 Bacteria 3952 173 147 103
Saccharomyces mikatae MIT Eukaryotes 10315 181 148 112
Coccidioides immitis RS  Eukaryotes 10457 196 148 110
Hyphomonas neptunium ATCC 15444 Bacteria 3505 172 148 123
Cryptococcus neoformans var. grubii H99  Eukaryotes 7302 188 148 96
Oceanobacillus iheyensis HTE831 Bacteria 3500 176 149 144
Enterococcus faecalis V583 Bacteria 3113 202 149 176
Brucella abortus S19 Bacteria 3000 169 149 141
Candida albicans SC5314 Eukaryotes 6165 185 150 100
Dinoroseobacter shibae DFL 12 Bacteria 3577 165 150 133
Coccidioides posadasii str. Silveira  Eukaryotes 10057 189 150 99
Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444 Bacteria 3324 174 151 122
Listeria monocytogenes 4b F2365 Bacteria 2821 193 153 169
Listeria innocua Clip11262 Bacteria 2968 194 154 171
Shewanella amazonensis SB2B Bacteria 3645 184 155 160
Coccidioides immitis RMSCC 2394  Eukaryotes 10403 197 155 104
Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C Bacteria 4346 173 156 143
Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 Bacteria 4778 181 156 158
Candida tropicalis MYA-3404  Eukaryotes 6258 183 156 90
Bacillus cereus ssp. cytotoxis NVH 391-98 Bacteria 3833 193 156 156
Cryptococcus neoformans B-3501A  Eukaryotes 6578 194 156 91
Opitutus terrae PB90-1 Bacteria 4612 181 156 156
Postia placenta  Eukaryotes 17173 280 157 200
Microcystis aeruginosa NIES-843 Bacteria 6312 184 157 69
Rhodopseudomonas palustris BisB5 Bacteria 4397 181 158 135
Rhodopseudomonas palustris BisA53 Bacteria 4878 187 159 144
Xanthomonas campestris pv. campestris 8004 Bacteria 4273 180 160 158
Xanthomonas campestris pv. campestris ATCC 33913 Bacteria 4181 181 160 158
Silicibacter sp. TM1040 Bacteria 3030 179 160 139
Geobacter uraniumreducens Rf4 Bacteria 4357 190 160 156
Yersinia pestis KIM Bacteria 4086 191 161 173
Xanthomonas axonopodis pv. citri 306 Bacteria 4312 186 161 163
Coccidioides posadasii RMSCC 3488  Eukaryotes 9897 203 161 106
Listeria monocytogenes EGD-e Bacteria 2846 203 162 176
Yersinia pestis CO92 Bacteria 3885 193 162 176
Marinobacter aquaeolei VT8 Bacteria 3858 184 162 142
Yersinia pestis biov. Medievalis 91001 Bacteria 3895 193 163 173
Roseobacter denitrificans OCh 114 Bacteria 3946 181 163 144
Methanosarcina acetivorans C2A Archaea 4540 191 164 82
Yersinia pestis Nepal516 Bacteria 3981 195 164 175
Shewanella sp. MR-4 Bacteria 3924 192 164 167
Acinetobacter sp. ADP1 Bacteria 3325 182 165 146
Ustilago maydis 1 r2 Eukaryotes 6522 192 165 87
Pedobacter heparinus Bacteria 4252 192 165 173
Sclerotinia sclerotiorum  Eukaryotes 14522 313 166 220
Pichia stipitis CBS 6054  Eukaryotes 5839 194 167 93
Pseudomonas stutzeri A1501 Bacteria 4128 189 167 154
Yersinia pestis Pestoides F Bacteria 3850 197 167 177
Cupriavidus taiwanensis Bacteria 3135 187 167 146
Debaromyces hansenii Eukaryotes 6869 200 168 100
Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 Bacteria 3857 185 168 143
Caulobacter crescentus CB15 Bacteria 3737 202 168 150
Shigella dysenteriae Sd197 Bacteria 4274 199 168 170
Clavibacter michiganensis ssp. michiganensis NCPPB 382 Bacteria 2984 186 168 144
Shewanella putrefaciens CN-32 Bacteria 3972 198 168 171
Erwinia tasmaniensis Bacteria 3427 197 168 176
Neurospora crassa 7 Eukaryotes 10620 213 169 114
Yersinia pestis Antiqua Bacteria 4167 200 169 180
Shewanella sp. MR-7 Bacteria 4006 198 170 172
Mycosphaerella graminicola  Eukaryotes 11395 208 171 104
Shewanella sp. W3-18-1 Bacteria 4044 199 171 166
Yersinia pseudotuberculosis PB1/+ Bacteria 4150 204 171 182
Vibrio cholerae O1 biov. eltor N16961 Bacteria 3835 193 172 167
Xanthomonas campestris pv. vesicatoria 85-10 Bacteria 4487 199 172 176
Azoarcus sp. BH72 Bacteria 3989 195 172 170
Renibacterium salmoninarum ATCC 33209 Bacteria 3507 194 172 136
Chaetomium globosum CBS 148.51  Eukaryotes 11124 257 173 142
Candida guilliermondii ATCC 6260  Eukaryotes 5920 201 173 92
Pyrenophora tritici-repentis  Eukaryotes 12169 221 174 113
Shigella boydii CDC 3083-94 Bacteria 4246 200 174 169
Yersinia pseudotuberculosis IP 32953 Bacteria 3901 208 175 186
Acidobacteria bacterium Ellin345 Bacteria 4777 205 175 164
Laccaria bicolor  Eukaryotes 20614 224 175 131
Clostridium botulinum A ATCC 3502 Bacteria 3572 223 175 199
Clostridium botulinum A Hall Bacteria 3404 221 175 197
Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029 Bacteria 4025 194 175 152
Shewanella loihica PV-4 Bacteria 3859 202 175 177
Yersinia pseudotuberculosis IP 31758 Bacteria 4124 209 175 185
Magnaporthe grisea 7 r2.3 Eukaryotes 11109 315 176 197
Chromohalobacter salexigens DSM 3043 Bacteria 3298 205 176 187
Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5 Bacteria 3778 204 176 136
Clostridium acetobutylicum ATCC 824 Bacteria 3672 211 177 170
Mycosphaerella fijiensis  Eukaryotes 10327 219 178 103
Yersinia pseudotuberculosis YPIII Bacteria 4192 213 179 186
Shigella boydii Sb227 Bacteria 4136 206 180 172
Botrytis cinerea B05.10  Eukaryotes 16389 243 180 121
Acaryochloris marina MBIC11017 Bacteria 6254 198 180 117
Bacillus amyloliquefaciens FZB42 Bacteria 3693 216 183 183
Parvibaculum lavamentivorans DS-1 Bacteria 3636 203 183 139
Vibrio cholerae O395 Bacteria 3875 205 183 177
Bacillus pumilus SAFR-032 Bacteria 3681 220 183 182
Methylibium petroleiphilum PM1 Bacteria 3819 203 184 160
Shewanella frigidimarina NCIMB 400 Bacteria 4029 212 184 173
Clostridium botulinum A ATCC 19397 Bacteria 3552 233 185 208
Mycobacterium ulcerans Agy99 Bacteria 4160 203 185 98
Ralstonia solanacearum GMI1000 Bacteria 3440 208 186 160
Shewanella sp. ANA-3 Bacteria 4111 216 186 186
Trichoplax adhaerens  Eukaryotes 11520 233 188 213
Cochliobolus heterostrophus  Eukaryotes 9633 233 188 113
Shigella flexneri 2a 301 Bacteria 4182 217 189 177
Rhodopseudomonas palustris HaA2 Bacteria 4683 211 189 158
Clostridium botulinum F Langeland Bacteria 3635 241 189 212
Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779 Bacteria 4976 222 189 174
Beijerinckia indica ssp. indica ATCC 9039 Bacteria 3569 209 189 164
Shigella flexneri 2a 2457T Bacteria 4068 217 190 179
Bordetella avium 197N Bacteria 3381 210 190 178
Sinorhizobium meliloti 1021 Bacteria 3341 217 191 180
Vibrio fischeri ES114 Bacteria 3761 214 191 184
Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 Bacteria 3791 217 191 172
Alkaliphilus metalliredigens QYMF Bacteria 4625 243 191 197
Clostridium botulinum B1 Okra Bacteria 3657 242 191 210
Rhodoferax ferrireducens T118 Bacteria 4170 219 192 178
Methylobacterium extorquens PA1 Bacteria 4829 226 192 185
Pseudoalteromonas atlantica T6c Bacteria 4281 221 193 184
Leptothrix cholodnii SP-6 Bacteria 4363 228 193 191
Frankia sp. CcI3 Bacteria 4499 229 195 176
Acidovorax sp. JS42 Bacteria 4007 216 195 164
Rhodopseudomonas palustris BisB18 Bacteria 4886 227 196 172
Shewanella baltica OS155 Bacteria 4307 223 196 179
Janthinobacterium sp. Marseille Bacteria 3697 226 197 196
Shewanella halifaxensis HAW-EB4 Bacteria 4278 221 197 185
Sinorhizobium medicae WSM419 Bacteria 3529 221 198 193
Shewanella pealeana ATCC 700345 Bacteria 4241 219 198 186
Clostridium botulinum A3 Loch Maree Bacteria 3655 251 198 218
Shigella flexneri 5 8401 Bacteria 4116 230 199 184
Lactobacillus plantarum WCFS1 Bacteria 3007 235 200 203
Polaromonas naphthalenivorans CJ2 Bacteria 4084 229 202 177
Bacillus halodurans C-125 Bacteria 4066 242 204 201
Verticillium albo-atrum VaMs.102  Eukaryotes 10222 238 205 93
Bacillus subtilis ssp. subtilis 168 Bacteria 4105 238 206 200
Mesorhizobium sp. BNC1 Bacteria 4064 229 207 187
Shewanella baltica OS185 Bacteria 4323 243 208 197
Nocardioides sp. JS614 Bacteria 4645 247 210 175
Stagonospora nodorum 1 Eukaryotes 16597 263 211 126
Clostridium kluyveri DSM 555 Bacteria 3838 253 211 214
Shigella sonnei Ss046 Bacteria 4223 245 213 181
Podospora anserina  Eukaryotes 10593 264 214 126
Enterobacter sakazakii ATCC BAA-894 Bacteria 4269 247 214 216
Lysinibacillus sphaericus C3-41 Bacteria 4584 268 214 216
Chromobacterium violaceum ATCC 12472 Bacteria 4407 239 216 201
Shewanella oneidensis MR-1 Bacteria 4318 243 216 168
Myxococcus xanthus DK 1622 Bacteria 7331 242 216 193
Flavobacterium johnsoniae UW101 Bacteria 5017 254 216 223
Yersinia enterocolitica ssp. enterocolitica 8081 Bacteria 3979 256 216 230
Jannaschia sp. CCS1 Bacteria 4212 239 217 189
Shewanella baltica OS195 Bacteria 4499 251 217 203
Rhodopseudomonas palustris CGA009 Bacteria 4813 242 218 179
Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis K-10 Bacteria 4350 241 220 110
Salmonella enterica ssp. arizonae ser. 62:z4,z23:-- Bacteria 4510 250 220 214
Acinetobacter baumannii ACICU Bacteria 3667 241 221 177
Stenotrophomonas maltophilia K279a Bacteria 4386 254 221 212
Aeromonas hydrophila ssp. hydrophila ATCC 7966 Bacteria 4122 248 222 223
Escherichia coli K12 subDH10B Bacteria 4126 262 224 226
Acinetobacter baumannii AYE Bacteria 3607 245 225 184
Aeromonas salmonicida ssp. salmonicida A449 Bacteria 4086 251 226 189
Rhodopseudomonas palustris TIE-1 Bacteria 5246 255 226 186
Bacillus licheniformis ATCC 14580 Bacteria 4152 257 227 218
Stenotrophomonas maltophilia R551-3 Bacteria 4039 262 227 216
Escherichia coli HS Bacteria 4384 262 228 227
Colwellia psychrerythraea 34H Bacteria 4910 267 230 221
Bacillus licheniformis ATCC 14580 Bacteria 4196 261 230 221
Escherichia coli K12 Bacteria 4132 266 231 229
Escherichia coli APEC O1 Bacteria 4457 268 231 230
Escherichia coli W3110 Bacteria 4226 270 233 233
Xanthobacter autotrophicus Py2 Bacteria 4746 268 233 219
Methylobacterium radiotolerans JCM 2831 Bacteria 5686 281 233 235
Escherichia coli ATCC 8739 Bacteria 4200 272 234 235
Silicibacter pomeroyi DSS-3 Bacteria 3810 258 235 212
Salmonella enterica ssp. enterica ser. Choleraesuisstr. SC-B67 Bacteria 4427 268 235 234
Salmonella enterica ssp. enterica ser. Paratyphi A ATCC 9150 Bacteria 4093 270 235 231
Salmonella enterica ssp. enterica ser. Schwarzengrund str. Bacteria 4500 273 236 236
Vibrio vulnificus CMCP6 Bacteria 4484 268 237 229
Clavibacter michiganensis ssp. sepedonicus Bacteria 2941 253 237 131
Salmonella enterica ssp. enterica ser. Typhi Ty2 Bacteria 4318 272 238 232
Salmonella enterica ssp. enterica ser. Typhi CT18 Bacteria 4395 273 239 233
Salmonella typhi Bacteria 4395 273 239 232
Bacillus thuringiensis Al Hakam Bacteria 4736 291 239 243
Clostridium difficile 630 Bacteria 3742 316 239 280
Citrobacter koseri ATCC BAA-895 Bacteria 4998 277 239 240
Bacillus thuringiensis ser. konkukian 97-27 Bacteria 5117 291 240 248
Shewanella woodyi ATCC 51908 Bacteria 4880 272 240 237
Salmonella enterica ssp. enterica ser. Newport SL254 Bacteria 4612 274 240 236
Escherichia coli UTI89 Bacteria 5044 283 242 240
Arthrobacter sp. FB24 Bacteria 4146 280 242 219
Burkholderia mallei SAVP1 Bacteria 5189 270 242 224
Shewanella sediminis HAW-EB3 Bacteria 4497 271 242 225
Salmonella enterica ssp. enterica ser. Heidelberg SL476 Bacteria 4650 275 243 236
Clostridium phytofermentans ISDg Bacteria 3902 284 244 246
Verticillium dahliae VdLs.17  Eukaryotes 10535 296 244 123
Arthrobacter aurescens TC1 Bacteria 4041 277 246 226
Rhizobium etli CFN 42 Bacteria 4035 264 247 214
Aspergillus oryzae RIB40  Eukaryotes 12063 287 247 102
Escherichia coli 536 Bacteria 4629 284 247 237
Mycobacterium avium 104 Bacteria 5120 270 247 120
Paracoccus denitrificans PD1222 Bacteria 4461 277 247 228
Escherichia coli E24377A Bacteria 4755 283 247 231
Bacillus weihenstephanensis KBAB4 Bacteria 5155 301 248 259
Acidovorax avenae ssp. citrulli AAC00-1 Bacteria 4709 276 249 196
Vibrio vulnificus YJ016 Bacteria 4955 277 250 239
Bacillus cereus ATCC 14579 Bacteria 5234 302 250 249
Salinispora tropica CNB-440 Bacteria 4536 293 250 208
Bacillus anthracis Ames Bacteria 5311 298 251 250
Erwinia carotovora ssp. atroseptica SCRI1043 Bacteria 4472 288 251 246
Bacillus anthracis Ames Ancestor Bacteria 5309 298 251 250
Rhizobium etli CIAT 652 Bacteria 4343 272 253 218
Trichoderma reesei 1.2 Eukaryotes 9997 297 255 110
Enterobacter sp. 638 Bacteria 4115 289 255 245
Salmonella enterica ssp. enterica ser. Paratyphi B SPB7 Bacteria 5601 290 255 247
Escherichia coli CFT073 Bacteria 5379 295 256 245
Salmonella typhimurium LT2 Bacteria 4425 290 256 249
Aspergillus clavatus NRRL 1  Eukaryotes 9120 302 256 126
Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 Bacteria 4832 287 257 256
Verminephrobacter eiseniae EF01-2 Bacteria 4908 283 257 218
Mycobacterium marinum M Bacteria 5423 282 257 133
Bacillus cereus ATCC 10987 Bacteria 5603 312 258 256
Bacillus clausii KSM-K16 Bacteria 4096 299 258 251
Bacillus anthracis Sterne Bacteria 5287 308 259 259
Escherichia coli SECEC SMS-3-5 Bacteria 4743 298 259 246
Escherichia coli SMS-3-5 Bacteria 4743 298 259 245
Escherichia coli O157:H7 EDL933 Bacteria 5324 296 261 240
Aspergillus terreus NIH2624  Eukaryotes 10401 317 264 130
Pseudomonas mendocina ymp Bacteria 4594 293 265 250
Salinispora arenicola CNS-205 Bacteria 4917 316 265 235
Bacillus cereus E33L Bacteria 5134 318 266 271
Solibacter usitatus Ellin6076 Bacteria 7826 298 266 239
Aspergillus niger ATCC 1015  Eukaryotes 8592 299 269 92
Aspergillus flavus NRRL3357  Eukaryotes 12587 319 269 125
Escherichia coli O157:H7 Sakai Bacteria 5253 309 270 245
Pseudomonas syringae pv. phaseolicola 1448A Bacteria 4984 301 271 241
Neosartorya fischeri NRRL 181  Eukaryotes 10403 325 277 132
Kineococcus radiotolerans SRS30216 Bacteria 4480 315 277 243
Aspergillus fumigatus Af293 Eukaryotes 9926 339 279 140
Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 Bacteria 4424 314 281 245
Pseudomonas syringae pv. syringae B728a Bacteria 5089 317 282 258
Burkholderia mallei NCTC 10229 Bacteria 5510 318 283 265
Azorhizobium caulinodans ORS 571 Bacteria 4717 315 283 255
Nasonia vitripennis  Eukaryotes 9254 363 284 346
Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000 Bacteria 5475 319 285 261
Burkholderia mallei NCTC 10247 Bacteria 5852 322 286 268
Methylobacterium sp. 4-46 Bacteria 6609 344 286 274
Burkholderia mallei ATCC 23344 Bacteria 5024 322 288 266
Agrobacterium tumefaciens C58 Bacteria 4548 319 288 268
Brugia malayi  Eukaryotes 11515 409 289 387
Aspergillus nidulans 1 r3.1 Eukaryotes 9541 357 292 148
Photorhabdus luminescens ssp. laumondii TTO1 Bacteria 4683 327 294 227
Fusarium verticillioides 7600  Eukaryotes 14175 350 294 131
Bradyrhizobium sp. ORS278 Bacteria 6717 323 294 265
Selaginella moellendorffii  Eukaryotes 22285 452 294 377
Aspergillus fumigatus A1163  Eukaryotes 9929 336 294 124
Sorangium cellulosum So ce 56 Bacteria 9384 325 296 266
Hahella chejuensis KCTC 2396 Bacteria 6778 336 297 275
Caulobacter sp. K31 Bacteria 5061 340 299 241
Mycobacterium gilvum PYR-GCK Bacteria 5241 331 302 172
Sphingomonas wittichii RW1 Bacteria 4850 333 303 247
Vibrio harveyi ATCC BAA-1116 Bacteria 5935 328 303 222
Photobacterium profundum SS9 Bacteria 5422 340 305 266
Marinomonas sp. MWYL1 Bacteria 4439 350 313 300
Polaromonas sp. JS666 Bacteria 4817 355 315 286
Pseudomonas entomophila L48 Bacteria 5134 356 318 300
Mycobacterium abscessus Bacteria 4920 351 320 181
Desulfitobacterium hafniense Y51 Bacteria 5060 381 323 320
Mycobacterium sp. MCS Bacteria 5391 354 326 188
Schistosoma mansoni  Early Assembly Eukaryotes 13163 421 327 396
Hydra magnipapillata  Eukaryotes 17398 461 327 342
Mycobacterium sp. KMS Bacteria 5460 357 328 192
Ciona intestinalis 49_2i (longest transcript per gene) Eukaryotes 14180 394 329 367
Ciona savignyi 49_2f (longest transcript per gene) Eukaryotes 11604 384 333 362
Medicago truncatula  Eukaryotes 27895 591 337 515
Bordetella parapertussis 12822 Bacteria 4185 364 340 278
Burkholderia pseudomallei 1106a Bacteria 7183 382 342 317
Pseudomonas putida KT2440 Bacteria 5350 388 343 330
Fusarium graminearum  Eukaryotes 11640 487 343 144
Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 Bacteria 4694 366 343 295
Pseudomonas putida W619 Bacteria 5182 384 344 330
Clostridium beijerinckii NCIMB 8052 Bacteria 5020 422 345 354
Burkholderia pseudomallei 668 Bacteria 7230 386 346 320
Apis mellifera 37.2d (longest transcript per gene) Eukaryotes 13448 413 347 396
Burkholderia pseudomallei 1710b Bacteria 6347 386 348 321
Paramecium tetraurelia  Eukaryotes 39622 481 348 279
Burkholderia thailandensis E264 Bacteria 5634 391 349 323
Burkholderia pseudomallei K96243 Bacteria 5728 396 351 333
Klebsiella pneumoniae ssp. pneumoniae MGH 78578 Bacteria 4776 389 351 335
Frankia alni ACN14a Bacteria 6711 394 352 262
Pseudomonas putida F1 Bacteria 5252 400 354 345
Trichoderma atroviride  Eukaryotes 11100 397 354 120
Emiliania huxleyi CCMP1516  Eukaryotes 39125 420 359 246
Burkholderia phymatum STM815 Bacteria 5421 406 364 335
Bradyrhizobium sp. BTAi1 Bacteria 7394 404 366 309
Bordetella petrii DSM 12804 Bacteria 5027 399 367 319
Phycomyces blakesleeanus  Eukaryotes 14792 543 370 403
Mycobacterium sp. JLS Bacteria 5739 399 370 211
Pseudomonas fluorescens PfO-1 Bacteria 5736 423 373 365
Serratia proteamaculans 568 Bacteria 4891 412 373 349
Trichoderma virens  Eukaryotes 11643 424 374 127
Mycobacterium vanbaalenii PYR-1 Bacteria 5979 413 375 230
Pseudomonas putida GB-1 Bacteria 5409 422 376 356
Pseudomonas aeruginosa PA7 Bacteria 6286 436 388 367
Pseudomonas aeruginosa PAO1 Bacteria 5568 435 390 368
Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici 4286  Eukaryotes 17608 502 394 229
Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 Bacteria 5892 443 403 372
Bordetella bronchiseptica RB50 Bacteria 4994 431 404 338
Pediculus humanus corporis  Early Assembly Eukaryotes 11198 533 411 506
Drosophila simulans 1.2 Eukaryotes 15415 552 423 532
Mesorhizobium loti MAFF303099 Bacteria 6743 494 440 408
Anopheles gambiae 49_3j (longest transcript per gene) Eukaryotes 12457 564 443 547
Pseudomonas fluorescens Pf-5 Bacteria 6138 495 446 412
Ralstonia metallidurans CH34 Bacteria 5914 487 446 382
Nocardia farcinica IFM 10152 Bacteria 5683 486 447 291
Bordetella pertussis Tohama I Bacteria 3436 472 453 417
Daphnia pulex  Eukaryotes 30940 563 453 524
Bombyx mori  Eukaryotes 21302 640 455 598
Drosophila ananassae 1.2 Eukaryotes 15070 601 463 582
Anopheles gambiae 49_3j (all transcripts) Eukaryotes 13133 601 464 583
Ralstonia eutropha JMP134 Bacteria 5846 503 465 410
Ciona intestinalis 49_2i (all transcripts) Eukaryotes 19858 560 465 517
Drosophila melanogaster FlyBase 4.2 (longest transcript per gene) Eukaryotes 13678 591 465 571
Drosophila willistoni 1.2 Eukaryotes 15513 613 466 589
Burkholderia vietnamiensis G4 Bacteria 6484 515 469 432
Drosophila mojavensis 1.2 Eukaryotes 14595 607 470 585
Drosophila erecta 1.2 Eukaryotes 15049 604 471 586
Drosophila melanogaster Ensembl 49_54 (longest transcript per gene) Eukaryotes 14141 601 472 582
Drosophila persimilis 1.2 Eukaryotes 16879 606 472 583
Bradyrhizobium japonicum USDA 110 Bacteria 8317 522 474 393
Drosophila grimshawi 1.2 Eukaryotes 14986 635 479 616
Drosophila virilis 1.1 Eukaryotes 14491 628 483 610
Mycobacterium smegmatis MC2 155 Bacteria 6716 521 483 312
Drosophila pseudoobscura 2.2 Eukaryotes 16071 629 484 601
Tribolium castaneum 3.0 Eukaryotes 16422 620 484 584
Drosophila yakuba 1.2 Eukaryotes 16082 626 485 603
Frankia sp. EAN1pec Bacteria 7191 528 485 326
Drosophila sechellia 1.2 Eukaryotes 16471 628 489 607
Burkholderia multivorans ATCC 17616 Bacteria 6121 533 493 447
Delftia acidovorans SPH-1 Bacteria 6040 542 500 436
Streptomyces griseus ssp. griseus NBRC 13350 Bacteria 7136 567 504 416
Sorex araneus 49_1c (all transcripts) Eukaryotes 13192 619 516 580
Sorex araneus 49_1c (longest transcript per gene) Eukaryotes 13187 619 516 580
Ralstonia eutropha H16 Bacteria 6206 572 520 465
Rhodococcus sp. RHA1 Bacteria 7211 586 523 373
Ciona savignyi 49_2f (all transcripts) Eukaryotes 20143 632 532 583
Streptomyces avermitilis MA-4680 Bacteria 7577 605 541 437
Burkholderia ambifaria MC40-6 Bacteria 6423 599 546 491
Rhizopus oryzae RA 99-880  Eukaryotes 17467 677 563 382
Saccharopolyspora erythraea NRRL 2338 Bacteria 7197 625 563 431
Physcomitrella patens subsp. patens  Eukaryotes 35938 823 564 707
Burkholderia cepacia AMMD Bacteria 6572 623 570 513
Nectria haematococca mpVI  Eukaryotes 15707 637 576 161
Caenorhabditis elegans WormBase WS147 (longest transcript per gene) Eukaryotes 20054 695 584 662
Caenorhabditis elegans Ensembl 49_180a (longest transcript per gene) Eukaryotes 20140 698 588 667
Burkholderia cenocepacia AU 1054 Bacteria 6477 639 594 532
Caenorhabditis briggsae 2 Eukaryotes 19334 726 611 672
Culex pipiens quinquefasciatus  Eukaryotes 14221 816 611 795
Erinaceus europaeus 49_1c (all transcripts) Eukaryotes 14592 732 616 694
Erinaceus europaeus 49_1c (longest transcript per gene) Eukaryotes 14588 732 616 694
Nematostella vectensis 1.0 Eukaryotes 27273 701 617 672
Acyrthosiphon pisum  Eukaryotes 34821 988 622 951
Ornithorhynchus anatinus 49_1f (longest transcript per gene) Eukaryotes 17951 760 629 713
Burkholderia cenocepacia HI2424 Bacteria 6763 681 632 569
Gallus gallus 49_2g (longest transcript per gene) Eukaryotes 16736 758 636 716
Burkholderia xenovorans LB400 Bacteria 8702 696 637 556
Cavia porcellus 49_1c (longest transcript per gene) Eukaryotes 14064 747 638 696
Cavia porcellus 49_1c (all transcripts) Eukaryotes 14219 748 639 697
Streptomyces coelicolor A3(2) Bacteria 7769 720 651 502
Burkholderia cenocepacia MC0-3 Bacteria 7008 710 661 592
Tupaia belangeri 49_1d (all transcripts) Eukaryotes 15462 798 667 755
Tupaia belangeri 49_1d (longest transcript per gene) Eukaryotes 15458 798 667 755
Lottia gigantea  Eukaryotes 23851 799 680 762
Spermophilus tridecemlineatus 49_1e (all transcripts) Eukaryotes 14830 813 695 762
Spermophilus tridecemlineatus 49_1e (longest transcript per gene) Eukaryotes 14827 813 695 762
Caenorhabditis elegans WormBase WS147 (all transcripts) Eukaryotes 22806 863 711 822
Oryctolagus cuniculus 49_1f (all transcripts) Eukaryotes 15438 845 712 781
Oryctolagus cuniculus 49_1f (longest transcript per gene) Eukaryotes 15438 845 712 781
Anolis carolinensis  Early Assembly Eukaryotes 28102 879 723 828
Vitis vinifera  Eukaryotes 30434 1066 728 880
Aedes aegypti 49_1b (longest transcript per gene) Eukaryotes 15419 928 729 904
Felis catus 49_1c (all transcripts) Eukaryotes 14843 859 732 811
Felis catus 49_1c (longest transcript per gene) Eukaryotes 14839 859 732 811
Helobdella robusta  Eukaryotes 23432 898 732 863
Strongylocentrotus purpuratus  Eukaryotes 42420 878 734 820
Burkholderia sp. 383 Bacteria 7717 802 738 673
Drosophila melanogaster Ensembl 49_54 (all transcripts) Eukaryotes 20815 1017 754 978
Capitella sp. I  Eukaryotes 32415 935 756 875
Otolemur garnettii 49_1c (all transcripts) Eukaryotes 15448 881 758 837
Otolemur garnettii 49_1c (longest transcript per gene) Eukaryotes 15443 881 758 837
Ochotona princeps 49_1 (all transcripts) Eukaryotes 15843 885 760 842
Ochotona princeps 49_1 (longest transcript per gene) Eukaryotes 15843 885 760 842
Drosophila melanogaster FlyBase 5.7 (all transcripts) Eukaryotes 21051 1030 762 990
Aedes aegypti 49_1b (all transcripts) Eukaryotes 16789 995 766 967
Myotis lucifugus 49_1e (all transcripts) Eukaryotes 16232 963 812 914
Myotis lucifugus 49_1e (longest transcript per gene) Eukaryotes 16228 963 812 914
Dasypus novemcinctus 49_1f (all transcripts) Eukaryotes 15539 946 814 888
Dasypus novemcinctus 49_1f (longest transcript per gene) Eukaryotes 15539 946 814 888
Carica papaya  Eukaryotes 28589 1135 824 935
Caenorhabditis elegans Ensembl 49_180a (all transcripts) Eukaryotes 26902 1014 837 966
Echinops telfairi 49_1e (all transcripts) Eukaryotes 16562 978 844 931
Echinops telfairi 49_1e (longest transcript per gene) Eukaryotes 16562 978 844 931
Loxodonta africana 49_1d (all transcripts) Eukaryotes 15717 975 849 921
Loxodonta africana 49_1d (longest transcript per gene) Eukaryotes 15717 975 849 921
Canis familiaris 49_2g (longest transcript per gene) Eukaryotes 19304 1028 870 970
Microcebus murinus 49_1 (all transcripts) Eukaryotes 16319 1015 877 962
Microcebus murinus 49_1 (longest transcript per gene) Eukaryotes 16319 1015 877 962
Xenopus tropicalis 49_41i (longest transcript per gene) Eukaryotes 18023 1030 884 980
Arabidopsis thaliana 8 (longest transcript per gene) Eukaryotes 27235 1356 903 1153
Sorghum bicolor  Eukaryotes 34496 1451 905 1226
Apis mellifera 37.2d (all transcripts) Eukaryotes 27755 1064 926 1024
Gallus gallus 49_2g (all transcripts) Eukaryotes 22195 1154 976 1083
Ornithorhynchus anatinus 49_1f (all transcripts) Eukaryotes 26836 1225 999 1155
Trichomonas vaginalis  Eukaryotes 99319 1500 1013 1123
Gasterosteus aculeatus 49_1f (longest transcript per gene) Eukaryotes 20787 1202 1034 1140
Oryzias latipes 49_1e (longest transcript per gene) Eukaryotes 19686 1203 1043 1093
Canis familiaris 49_2g (all transcripts) Eukaryotes 25558 1252 1047 1177
Rattus norvegicus 49_34s (longest transcript per gene) Eukaryotes 22503 1202 1060 1154
Equus caballus 49_2 (longest transcript per gene) Eukaryotes 20736 1217 1062 1161
Bos taurus 49_3f (longest transcript per gene) Eukaryotes 21746 1217 1063 1128
Ricinus communis  Early Assembly Eukaryotes 38613 1469 1070 1252
Takifugu rubripes 49_4i (longest transcript per gene) Eukaryotes 18523 1233 1073 1158
Danio rerio 49_7c (longest transcript per gene) Eukaryotes 21322 1291 1122 1231
Pongo pygmaeus 49_1 (longest transcript per gene) Eukaryotes 19944 1279 1133 1219
Arabidopsis thaliana 8 (all transcripts) Eukaryotes 32825 1738 1135 1470
Tetraodon nigroviridis 49_1k (all transcripts) Eukaryotes 27991 1362 1141 1284
Tetraodon nigroviridis 49_1k (longest transcript per gene) Eukaryotes 27991 1362 1141 1284
Equus caballus 49_2 (all transcripts) Eukaryotes 22748 1368 1196 1309
Pan troglodytes 49_21h (longest transcript per gene) Eukaryotes 20543 1366 1215 1310
Macaca mulatta 49_10h (longest transcript per gene) Eukaryotes 21905 1392 1232 1330
Oryzias latipes 49_1e (all transcripts) Eukaryotes 24661 1436 1235 1302
Gasterosteus aculeatus 49_1f (all transcripts) Eukaryotes 27577 1458 1248 1376
Oryza sativa ssp. japonica 5.0 Eukaryotes 66710 2113 1252 1771
Monodelphis domestica 49_5d (longest transcript per gene) Eukaryotes 19471 1409 1266 1356
Mus musculus 49_37b (longest transcript per gene) Eukaryotes 23873 1426 1274 1372
Zea mays subsp. mays Early assembly  Eukaryotes 64180 2251 1287 1917
Bos taurus 49_3f (all transcripts) Eukaryotes 27694 1497 1294 1380
Populus trichocarpa 1.1 Eukaryotes 45555 1957 1300 1668
Pongo pygmaeus 49_1 (all transcripts) Eukaryotes 23409 1491 1307 1421
Xenopus tropicalis 49_41i (all transcripts) Eukaryotes 27711 1571 1317 1501
Homo sapiens 49_36k (longest transcript per gene) Eukaryotes 22997 1508 1352 1446
Rattus norvegicus 49_34s (all transcripts) Eukaryotes 32948 1748 1534 1667
Glycine max Early assembly  Eukaryotes 62199 2527 1637 2154
Danio rerio 49_7c (all transcripts) Eukaryotes 31743 1939 1693 1852
Pan troglodytes 49_21h (all transcripts) Eukaryotes 33137 1994 1751 1905
Macaca mulatta 49_10h (all transcripts) Eukaryotes 36384 2257 1985 2159
Mus musculus 49_37b (all transcripts) Eukaryotes 39667 2548 2239 2414
Branchiostoma floridae 1.0 Eukaryotes 50817 2498 2265 2421
Xenopus laevis  Eukaryotes 30604 2620 2382 2470
Homo sapiens 49_36k (all transcripts) Eukaryotes 46591 2886 2543 2745
Takifugu rubripes 49_4i (all transcripts) Eukaryotes 47841 3331 2891 3115
Monodelphis domestica 49_5d (all transcripts) Eukaryotes 32557 3899 3610 3803
Please cite: Derek Wilson, Varodom Charoensawan, Sarah K. Kummerfeld and Sarah A. Teichmann, DBD - taxonomically broad transcription factor predictions: new content and functionality Nucleic Acids Research 2008 doi: 10.1093/nar/gkm964.

Please send feedback, comments or questions to Sarah A. Teichmann.

© Copyright 2005-2010 The Medical Research Council and the DBD authors.
Powered by  Cellerator